In der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts und insbesondere im 18. Jahrhundert begann in Mitteleuropa die Ära der Entwicklung der Pferdezucht. Die Herrscher und ihre Adelsgeschlechter, jedoch auch der weltliche und der kirchliche Adel, gründeten Gestüte, was auch im Lande der Böhmischen Krone nicht anders war. Das einstige Hofgestüt in Kladruby nad Labem wurde im Kladruber Wildgehege auf dem kaiserlichen Pardubitzer Gut durch Rudolf II. auf der Grundlage eines am 6. März 1579 auf der Prager Burg herausgegebenen Dekrets gegründet.
Das Gestüt erlebte während der ersten beiden Jahrhunderte seiner Existenz je nach den finanziellen Verhältnissen, Vorlieben und Bedürfnissen der Herrschenden Zeiten des Aufschwungs und des Niedergangs. Die größten Verluste erlitt es in der Zeit des Siebenjährigen Krieges (1756-1763), als das Kladruber Zuchtmaterial in das Gestüt Eneyed in Ungarn verlegt wurde und dort bis zum Jahre 1771 verblieb. Am 10. Juni 1757 brannte das Gestüt während der Feierlichkeiten anlässlich des Sieges des Feldherrn Laudon in der Schlacht bei Kolín mit den Zuchtaufzeichnungen ab und wurde nachfolgend an die holländische Firma Tuissant als Textillager vermietet. Erst im Jahre 1770 ließ Kaiser Josef II. das Gestüt Kladruby neu errichten, wobei er sämtliches Zuchtmaterial zurück beorderte. Die Aufgabe des Kladruber Gestüts war es, Pferde für den kaiserlichen Hof in Gestalt eines mächtigen, graziösen Karossiers (Kutschpferdes) in verschiedenen Farben zu züchten, wie es der herrschaftlich-höflichen Etikette und den Vorlieben entsprach.
Bis zum ersten politischen Umschwung des Jahres 1918 wurden aus Kladruby Kutschpferde für die Hofstallungen geliefert, unter Rudolf II. nach Prag auf die Burg, jedoch ab den Zeiten seines Bruders Matthias II. und dessen Nachfolger auch nach Wien. Diesem Zwecke diente zunächst die Herde spanischer und spanisch-italienischer Pferde, die hier gemäß kaiserlichem Geheiß auch in jenen Zeiten reinrassig konservativ aufrecht erhalten werden musste, als zum Ende des 18. und zu Beginn des 19. Jahrhunderts ein zunehmendes, allgemeines Interesse an der Zucht englischer Pferde bestand, was mangels Nachfrage auch in ihrer ursprünglichen Heimat manche Pferderassen verschwinden ließ.
Da später italienisch-spanische Pferde kaum zu besorgen waren, bürgerte sich für ihre Rasse die Bezeichnung „Altkladruber Pferd“ als neue Rasse ein, unter welcher sie in den hippologischen und zootechnischen Handbüchern unter Verweis auf ihre Existenz angeführt wurden, und zwar in zwei Herden von Rappen und Schimmeln, obwohl bis in die dreißiger Jahre des 19. Jahrhunderts auch die Herde der Altkladruber Braunen existierte. Diese verlor jedoch infolge einer Kreuzung mit holländischen Hengsten an Wert und wurde daraufhin aufgelöst.
In der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts wurde in Kladruby für den üblichen Kutschendienst am Hofe die Zucht der Kutschpferde Cleveland -Bay, der Clevelander Braunen, eingeführt. Sie waren von der Gestalt her elegante, eine gute Figur abgebende Pferde, die in der Bewegung erhobenen Hauptes liefen und durch ihre Ausdauer und Geschwindigkeit auch bei höherer, kadenzierter Gangart sowie durch ihre einfache Handhabung berühmt waren.
Als das Kladruber Gestüt nach den politischen Veränderungen im Jahre 1918 der tschechoslowakische Staat übernahm, wurde die Entscheidung bezüglich des neuen Zweckes des Gestüts getroffen, bestehend in der Zucht von Rassehengsten für die Landeszuchten der einzelnen Länder der ČSR. Ihre bisherigen Ressourcen in den ehemaligen österreichischen und ungarischen staatlichen Gestüten in Radovec, Bukovina, in Piber u.a., somit nach dem Untergang der österreichisch-ungarischen Monarchie, wurden aufgelöst, indem das Zuchtmaterial anschließend unter den einzelnen Nachfolgeländern aufgeteilt wurde. Nach Kladruby gelangte daher aus Piber ein Teil der Stuten und Hengste der englischen und anglo-arabischen Halbblutpferde Przedswit, Gidran, Furioso und North-Star, aus Radovec auch Zuchtstuten dieser Stämme. In Kladruby wurden während des Ersten Weltkrieges auch drei Jahrgänge der Lipizzaner-Fohlen untergebracht, die nach 1918 in das Vermögen des Staates übergingen und im Jahre 1923 nach Topolčianky verlegt wurden. Von der ursprünglich sehr verbreiteten Zucht der Altkladruber Pferde blieb bis zur Entstehung der ČSR lediglich der Rest dieser Rasse erhalten, die in zwei Farbvarianten gezüchtet wurde - die Schimmel mit der Vaterlinie Generale und Generalissimus sowie die Rappen mit den Linien Sacramoso und Napoleone.
In Kladruby verwandelte sich nach dem Jahre 1918 der Hass gegen alles Habsburgische auch in den Hass gegenüber den Herden der Pferde des ehemaligen k. u. k. Hofgestüts, sodass zunächst beschlossen wurde, sowohl die historische Herde der Kladruber Schimmel und Rappen, als auch die Herde der Clevelander Braunen als für die neuen Zwecke des Gestüts ungeeignet zu liquidieren.
Nach großen Schwierigkeiten gelang es schließlich dennoch in Kladruby die historische Herde der Altkladruber Pferde als zootechnisches Unikat der ČSR zu erhalten, für deren Rettung sich auch das Ausland rege interessierte. Somit wurde der Beschluss gefasst, die Herde der Schimmel in geringerem Umfang zu erhalten, während die Herde der Rappen, die als weniger edel sowie als gewöhnliche Zugpferde erachtet wurden, stillschweigend zur schrittweisen Liquidation verurteilt war.
Die Liquidation wurde mit dem Verkauf des Stammhengstes Napoleone Sola - eines Rappen in voller Lebenskraft - zur Schlachtung in Angriff genommen, wobei beschlossen wurde, seine Nachkommenschaft nicht zu erhalten. Zur Deckung der Altkladruber Rappen wurde auf Lebenszeit ein einziger reinrassiger Hengst, der Rappe Sacramoso XXVII - Aja, belassen. Aus den zeitgenössischen Aufzeichnung des damaligen Gestüts ist das Bemühen ersichtlich, die Herde der Rappenstuten binnen kurzer Zeit zu liquidieren. Diese Liquidation wäre schneller voran geschritten, wären damals nicht gerade die Rappen die stärksten und besten Zugpferde in der Wirtschaft des Gestüts gewesen. Denn immer war es so gewesen, in Kladruby und auch in Wien, dass die Rappen neben den zufallsbedingten Bestattungsumzügen bei Hofe auch als Kutschpferde und in den Diensten der Baubehörde arbeiteten, wobei sie beim Pflügen, bei der Einbringung der Ernte von den Wiesen und Feldern sowie des Holzes aus dem Wald zu sehen waren. (Daher entsprechen die bei uns in der hippologischen Literatur verbreiteten Berichte zu den Altkladruber Pferden, wonach sie lediglich zu zeremoniellen Zwecke der spanischen Etikette eingesetzt wurden, nicht der Wahrheit.)
Eine große Restriktion der Herde der Altkladruber Rappen im Gestüt Kladruby nad Labem erfolgte im Jahre 1925, wobei diese Restriktion bis November 1931 ihre Fortsetzung fand. Ein Teil der Herde wurde dem erzbischöflichen Gut in Červená Řečice, in Chrast bei Chrudim, der Gutsverwaltung in Průhonice und zahlreichen Privatpersonen übereignet. Im Jahre 1931 übernahm die Jablůnkover Wirtschaftsverwaltung des Zipser bischöflichen Gutes (heute Slowakei) den Rest der Rappenherde samt Stammhengst Sacramoso XXIV. Mit dieser Zerstreuung der Zucht des Altkladruber Rappen, weit von der Wiege seiner Geburt entfernt, nahm der Untergang der Altkladruber Rappen, des Stamms der einzigen autochtonen Zucht einer in Böhmen über Jahrhunderte gezüchteten Pferderasse seinen Lauf. Seine Regenerierung erfolgte erst durch den Verdienst des Professors der Landwirtschaftlichen Hochschule in Prag, PhDr. et Dr. med. František Bílek, DrSc., der sie im Jahre 1941 in Angriff nahm. (Einzelheiten zur Regeneration des Altkladruber Rappen sind der Publikation "50 Jahre Gestüt Slatiňany 1945 - 1995“ zu entnehmen, die gegen Ende des Jahres 1995 das Nationalgestüt Kladruby anlässlich seines 55. Eröffnungsjubiläums herausgab.)