Der Untergang der österreichisch-ungarischen Monarchie im Jahre 1918 bedeutete zunächst eine Bedrohung der weiteren Existenz der Zucht und der Ausbildung der zeremoniellen Kutschpferde in der Landschaft, und damit ihres raison d’être, ihres Daseinsgrundes. Das Altkladruber Pferd wurde nämlich schematisch mit dem Prunk des Habsburger Kaiserhofes in Verbindung gebracht, gegen welchen sich die neue Tschechoslowakischen Republik kritisch abgrenzte. Daher wurde gleich nach der Entstehung der souveränen Tschechoslowakischen Republik im Oktober 1918 von der Südfassade des Retschaner Tors das kaiserliche Wappen entfernt. In den Jahren 1918 und 1919 wurde der Bestand der Zuchtpferde radikal gesenkt.
Bald darauf zeigte sich jedoch der Bedarf an Pferden der Altkladruber Rasse auch für zeremonielle Zwecke der neuen Tschechoslowakischen Republik, sodass das ehemalige k. u. k. Hofgestüt unter den neuen Verhältnissen als staatliches Unternehmen (Staatliches Gestüt Kladruby nad Labem), das direkt dem Landwirtschaftsministerium unterstellt war, beibehalten wurde. Das Altkladruber Pferd wurde in die Zeremonie des ersten tschechoslowakischen Präsidenten Tomáš G. Masaryk einbezogen: mit der von Altkladruber Pferden gezogenen Kutsche fanden Antrittsaudienzen der Gesandten, die Amtseinführung des neuen Präsidenten der Republik und weitere offizielle Veranstaltungen statt, unter anderem häufige Staatsbesuche in der neu gegründeten Republik.
Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde das Gestüt in das Staatliche Zuchtunternehmen integriert. Um die Mitte des 20. Jahrhunderts wurde im Gebäude des Schlosses eine landwirtschaftliche Berufsschule für das Ausbildungsfach Pferdezüchter eingerichtet.
Die neuen betrieblichen und wirtschaftlichen Bedürfnisse machten in der 2. Hälfte des 20. Jahrhunderts auch die Ergänzung des historischen Bauensembles des Gestüts erforderlich, und so entstanden auf der Fläche des ehemaligen Schlossgartens die Neubauten des Verwaltungsbetriebsgebäudes, die Kutschenremise und das Kesselhaus. Dieser negative Eingriff in den Garten ermöglichte jedoch, die Befreiung der Räumlichkeiten des Schlosses von den administrativen Funktionen und den Beginn der sorgfältigen, denkmalpflegerischen Wiederherstellung des Schlosses. Diese wurde 1996 mit der Restaurierung des Ensembles der ehemaligen kaiserlichen Gemächer im Obergeschoss des Schlosses in Angriff genommen. Die historische Ausstellung wurde zu einem Bestandteil der Besichtigungsroute der Besucher des Gestüts. Zugleich wurden in das Schloss im Einklang mit der historischen Tradition des Schlosses die Büros der Direktion des Gestüts zurück verlegt.
Im Jahre 2007 wurde die Kulturlandschaft in Kladruby nad Labem in das nationale indikative Verzeichnis für die künftige Nominierung für die UNESCO-Liste des Weltkulturerbes eingetragen, was sowohl die Vorbereitung der komplexen Wiederherstellung der Stallungen, als auch die Vorbereitung der zur Nominierung unabdingbaren fachspezifischen Materialien beschleunigte. In mehreren Etappen wurde der überhaupt erste Management-Plan erstellt und es wurde die internationale Zusammenarbeit forciert. Ein bedeutendes Instrument zur Stärkung der Erhaltung der nominierten Landschaft war, dass das ausgedehnte, mit dem Gestüt zusammenhängende Gebiet 2015 zum Denkmalschutzgebiet unter der Bezeichnung Kladruber Elbgebiet erklärt wurde. Da die Pflege der Landschaft der Kutschpferde auf nationaler Ebene mehrere Regierungsressorts betrifft, wurde im Jahre 2015 eine diese Ressorts umfassende Führungsgruppe konstituiert, wobei zugleich eine Vereinbarung über die allgemeinen Grundsätze der Wiederherstellung und der weiteren Entwicklung des nationalen Kulturdenkmals des Gestüts in Kladruby nad Labem unterzeichnet wurde, welche für eine Ausgewogenheit der zahlreichen öffentlichen Interessen in diesem außerordentlich wertvollen landschaftlichen Umfeld sorgt.